Villa Vigoni è un’associazione riconosciuta di diritto privato, registrata nel 1987 in Germania e l’anno successivo in Italia; per questo motivo ha due sedi a Bonn (Amtsgericht Bonn, Vereinsregisternummer 5422) e a Loveno di Menaggio (Prefettura di Como, R.P.G. n. 155) che ne attestano il carattere binazionale. Referente da parte tedesca è il Ministero Federale dell’Istruzione e della Ricerca (Bundesministerium für Bildung und Forschung) e da quella italiana il Ministero degli Affari Esteri e della Cooperazione Internazionale (MAECI).
Il Consiglio Direttivo, composto da membri permanenti e non permanenti, sostiene e consiglia l’associazione nello svolgimento dei suoi compiti.