Ignazio Vigoni Medici di Marignano (1905-1983) legte in seinem Testament (1978) fest, dass zur Erinnerung an seine Familie, insbesondere an seinen Urgroßvater Heinrich/Enrico Mylius (1769-1854), ein „Zentrum für italienische und deutsche Kultur“ geschaffen werden solle. Um dies zu ermöglichen, überließ er seinen gesamten Besitz in Loveno (Menaggio) am Comer See der Bundesrepublik Deutschland. Nach seinem Tod im Jahr 1983 nahm die Bundesrepublik Verhandlungen mit der Italienischen Republik darüber auf, wie ein solches deutsch-italienisches Zentrum entstehen könne. 1986 wurde der Verein Villa Vigoni gegründet, der 1987 in Deutschland und im darauffolgenden Jahr in Italien ins Vereinsregister eingetragen wurde. Das „Alleinstellungsmerkmal“ der Villa Vigoni ist ihr binationaler Charakter. Hauptträger sind auf italienischer Seite das Ministerium für Auswärtige Angelegenheiten und internationale Zusammenarbeit (MAECI) und auf deutscher Seite das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF).

Dank der Zusammenarbeit der beiden Ministerien erfüllt die Villa Vigoni ihre Mission: Sie vertieft und verstärkt den Dialog zwischen den beiden Ländern und allgemein in Europa in den Bereichen der Wissenschaft, Politik und Kultur, mit besonderem Augenmerk auf den jungen Generationen. Die Villa Vigoni ist ein Ort, an dem wissenschaftlich und gesellschaftlich relevante Fragen diskutiert werden: zur politischen Gegenwart, zum europäischen Einigungsprozess, zu sozialen Entwicklungen, zu Wirtschaft und Umwelt, Natur- und Geisteswissenschaften. Die Villa Vigoni beteiligt sich an Forschungsprojekten und öffentlichen Debatten zu Themen, die die Zivilgesellschaften beider Länder betreffen.
Organe des Zentrums
Zu den Organen des Vereins zählen die Mitgliederversammlung, die Präsidenten/Präsidentinnen, der/die Generalsekretär/-in und das Kuratorium.
Präsidenten/Präsidentinnen
Botschafter a.D. Luigi Mattiolo (seit 2025)
Botschafterin a.D. Dr. Susanne Wasum-Rainer (seit 2021)
General-
sekretärin
Dr. Christiane Liermann Traniello (seit 2018)